Les fonds récupérés par le SCEAU sont répartis dans les lieux de dépôts en fonction de leur nature.
Après classement et inventaire, les archives et périodiques sont déposées auprès des Archives de France (Archives Nationales ou Départementales) tandis que les livres, statutairement refusés par les Archives (livres et revues figurant au dépôt légal) sont déposés dans des bibliothèques publiques.

Tous ces dépôts font l’objet d’un contrat visant à assurer leur pérennité et définissant les conditions de consultation.